โรงเรียนมัสยิดคลองจิหลาดอุปถัมภ์ จัดการเรียนการสอนโดยยึดผู้เรียนเป็นสำคัญ มุ่งเน้นให้นักเรียนมีคุณธรรม จริยธรรมตามหลักการศาสนบัญญัติอิสลาม และมีคุณภาพตามเกณฑ์มาตรฐานการศึกษาขั้นพื้นฐาน